Komořany jsou připomínány poprvé k roku 1088 jako osada, která patřila vyšehradské kapitule. Další záznamy naznačují, že vlastníky Komořan (či jejich částí) byly královská komora (za Václava II. před rokem 1304 a za Jiřího z Poděbrad před rokem 1470), soukromé osoby (například scholastikus Dobeš od roku 1332 či Václav Šturm z Hyršfeldu, který připojoval ke svému jménu doplněk „seděním na Komořanech“ – po roce 1589), ale zejména zbraslavský klášter, kterému patřila nejen ves Komořánky vzniklá před rokem 1436, ale i další majetek – např. jeden dvůr (darovaný Václavem II. roku 1304). Od roku 1638 se stávají dědičným vlastnictvím zbraslavského kláštera snad celé Komořany. V roce 1785 však byl zbraslavský klášter zrušen a Komořany připadly náboženskému fondu, který prodal komořanský dvůr, zámek a ovčín o 40 let později knížeti Oettingen-Wallersteinovi. V roce 1866 kupuje tento komořanský majetek (poplužní dvůr, ovčín a zámek) rytíř z Albertů. Mezitím totiž byla vymezena katastrální obec Komořany a její obyvatelé v polovině 19. století vytvořili společnou politickou obec s Točnou. Proto jsou v Malém Ottově slovníku z roku 1904 zmiňovány Komořany jen jako zámeček u vsi Točná. Samostatnou obcí se staly Komořany až po 2. světové válce, ale již v roce 1964 byly spojeny s obcí Modřany a s nimi byly připojeny k Praze 4 k 1. 1. 1968. V té době žilo v Komořanech 1107 obyvatel ve 133 domech. V roce 1990 se staly Komořany součástí městské části Praha-Modřany, která se v roce 1994 stala městskou částí Praha 12.